• В Беларуси
  • Наука
  • Интернет и связь
  • Гаджеты
  • Игры
  • Оружие
  • Архив новостей
    ПНВТСРЧТПТСБВС


В пятницу, 31 января, индийские биоинформатики объявили, что нашли в коде нового типа коронавируса вставки аминокислот, очень похожие на куски из ВИЧ и непохожие на «природные мутации». Правда, позже другие ученые подробно объяснили, почему это исследование не стоит принимать на веру. Приводим разбор этого утверждения.

Фото: Reuters
Фото: Reuters

Что сообщили индийские биоинформатики?

В пятницу, 31 января, группа биоинформатиков из двух престижных университетов в Дели (Индия) опубликовала на сервере препринтов по биологии BioRxiv результаты своего исследования. Ученые рассказали, что они взяли аминокислотную последовательность генома 2019-nCoV и сопоставили ее с геномом коронавируса летучей мыши — ближайшего известного родственника 2019-nCoV.

Образцы совпали практически на 96%. Что же касается оставшихся 4%, то исследователи провели поиск в базе данных Национального центра биотехнологической информации США, которая содержит более трех миллионов последовательностей вирусного генома, и нашли четыре участка, «копирующие либо очень похожие» на белки ВИЧ первого типа (HIV-1) — поверхностный гликопротеин gp120 и Gag (антитела).

Кроме того, они заявили, что хотя эти участки разделены другим кодом, согласно 3D-модели 2019-nCoV они сходятся на вершине того самого «шипа», которым коронавирус атакует клетки.

В итоге индийцы заявили, что такое сходство нехарактерно для других коронавирусов и «вряд ли случайно по своему происхождению».

Идея, что новый тип коронавируса создали намеренно, добавив к вирусу летучей мыши фрагменты ВИЧ, быстро разошлась по Сети. Новость об этом «открытии» даже репостнул молекулярный биолог и блогер с более чем 200 тысячами подписчиков Ананд Ранганатан (Anand Ranganathan).

Сейчас он уже удалил свой твит и разместил запись с опровержением.

Почему это исследование недостоверно?

Исследование индийских биоинформатиков тут же подверглось критике. Даже в комментариях к тексту на сайте можно найти скептиков.

Так, пользователь Ilya Tsyrlov (человек с именем Илья Цырлов работает в Сибирском институте клинической и экспериментальной медицины) называет эти выводы «ложными». «Доктор Конерманн из Стэнфорда только что проверил их результаты. Сходства ложны. Из четырех идентифицированных ими вставок между NCov и SARS две содержатся в коронавирусе летучих мышей. Из двух оставшихся только одна напоминает ВИЧ, однако она такая короткая (6 оснований), что сходство можно считать случайным», — написал он.

А пользователь Song Yang (такой ученый сотрудничает с Университетом Джорджии) утверждает, что все эти четыре вставки встречаются у вируса Bat-SARS Like CoV, открытого в 2013 году.

Наиболее полный и качественный ответ написал обладатель докторской степени по биоинформатике Ари Аллин-Фейер (Ari Allyn-Feuer). Если кратко, то, по его словам, уникальные биологические свойства, которые присущи ВИЧ и могут теоретически передаться другому вирусу, полностью отсутствуют в 2019-nCoV. Более того, новый тип коронавируса не обладает уникальными клиническими свойствами. Нет никакой геномной или клинической аномалии, которая бы нуждалась в объяснении и рассматривалась бы как следствие биоинженерии.

Клиническая картина 2019-nCoV не имеет никаких особенностей. Симптомы, заразность, тяжесть, уровень смертности, продолжительность, инкубационный и латентный период, способность передаваться от животных к человеку либо при контакте с кожей — все это в пределах прецедентов, установленных другими коронавирусами человека.

3D модель Alphacoronavirus 1. Изображение: wikimedia.org
3D-модель Alphacoronavirus 1. Изображение: wikimedia.org

Специалист отмечает, что найденные в новом типе коронавируса фрагменты, якобы совпадающие с ВИЧ, очень короткие и проявляются в гипервариабельных областях обоих вирусов. Если загрузить такие короткие последовательности в огромную базу, такую как у Национального центра биотехнологической информации США, неизбежно найдутся сходства, причем не только с ВИЧ, но и со многими другими вирусами, бактериями, грибками, мушками или растениями.

Автор приводит удачную метафору: это словно взять несколько слов из «Гамлета» и обнаружить совпадение с другим литературным произведением.

Далее он сообщает, что хотя и белок «шипа» коронавируса, и белок gp120 ВИЧ предназначены для «распознавания», но по сути они очень разные. Белок «шипа» позволяет коронавирусу распознавать рецептор ACE2 и проникать в эпителий слизистой оболочки, тогда как белок gp120 позволяет ВИЧ распознавать рецептор CD4 и вторгаться в Т-клетки CD4+.

Таким образом, если бы коронавирус действительно использовал белок gp120, такой же, как у ВИЧ, он был бы способен идентифицировать Т-клетки или распознавать рецептор CD4. Но пока этому нет никаких доказательств.

Со специалистом солидарен и Дэн Самородницкий (Dan Samorodnitsky), научный редактор на портале Massive Science. В частности, Дэн пишет, что сопоставил упомянутые 4 участка с рядом других геномов и нашел совпадения с вирусом герпеса мыши, вирусом, вызывающим мононуклеоз, вирусом, заражающим батат, а еще с вирусом острого паралича у пчел.

Таким образом, исследование индийских биоинформатиков пока не несет особой научной ценности и нуждается в тщательной проверке.

-30%
-10%
-50%
-20%
-10%
-10%
-10%
-40%
-10%
-15%
-45%
-15%
0068422